SDC, Data Science and Knowledge

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PhD student in the [[Home|SDC]] team (formerly BFO team) of the [http://icube.unistra.fr ICube] laboratory of the [http://unistra.fr/index.php?id=homepage University of Strasbourg] since May 2015.
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== Courte biographie ==
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[[Fichier:Ali.jpg|150px|vignette|droite]]
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* Je suis actuellement Maître de Conférences en informatique à l'[https://www.unistra.fr/ Université de Strasbourg].
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* J'enseigne au [https://iutrs.unistra.fr/iut/departements/informatique département informatique] de l'[http://iutrs.unistra.fr/ IUT Robert Schuman].
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* Je mène actuellement mes travaux de recherche dans l'équipe Science des Données et Connaissances ([https://sdc.icube.unistra.fr/index.php/Accueil SDC]) du laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie ([http://icube.unistra.fr/ ICube]) (depuis (09/2023).
  
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= Contact =
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Auparavant, j'ai été :
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* Maître de conférences au sein de l'équipe CSTB (09/2021 -- 09/2023)
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* Postdoctorant dans l'équipe Modèles et Formalismes à Evénements Discrets ([https://www.lis-lab.fr/mofed/ MOFED]) du Laboratoire d'Informatique & Systèmes ([https://www.lis-lab.fr/ LIS]) à l’Université d'Aix-Marseille (09/2020 -- 08/2021).
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* Postdoctorant dans l'équipe Environnement Durable ([https://www.cerege.fr/fr/recherche/environnement-durable ED]) du Centre de Recherche et d'Enseignement de Géosciences de l'Environnement ([https://www.cerege.fr/fr CEREGE]) à l'[https://www.univ-amu.fr/ Université d'Aix-Marseille] en collaboration avec le Centre des implications environnementales de la nanotechnologie ([https://ceint.duke.edu/ CEINT]) de l'[https://duke.edu/ Université Duke] (09/2019 -- 08/2020).
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* A.T.E.R à l’[https://mathinfo.unistra.fr/ UFR de mathématique et informatique] de l'[https://www.unistra.fr/ Université de Strasbourg] (09/2017 -- 08/2019).
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* Doctorant dans l'équipe Science des Données et Connaissances ([https://sdc.icube.unistra.fr/index.php/Accueil SDC]) du laboratoire ICube de l'[https://www.unistra.fr/ Université de Strasbourg] (05/2015 -- 09/2018).
  
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  Ali AYADI
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== Recherche ==
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  ICube Laboratory
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=== Thématiques de recherche ===
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  Télécom Physique Strasbourg
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* IA neuro-symbolique et XAI<br>
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  300 bd Sébastien Brant - CS 10413
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* Ingénierie des connaissances<br>
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  F - 67412 Illkirch cedex
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* Représentation conceptuelle<br>
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* Modélisation de la connaissance du domaine à l'aide d'ontologies (web sémantique)<br>
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*  Processus d'inférence et Raisonnement qualitatif<br>
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* Simulation à évènements discrets <br>
  
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  Office: C325
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=== Applications ===
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  Phone: +33 (0) 3 68 85 45 78
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* Réseaux biomoléculaires<br>
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  Email: ali.ayadi (at) unistra (dot) fr
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* Industrie 4.0<br>
  
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= Research =
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=== Publication ===
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[https://publis.icube.unistra.fr/?author=Ayadi&allaut=or#hideMenu Liste des pulications]
  
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== PhD Thesis ==
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[https://scholar.google.fr/citations?user=yGn8v_kAAAAJ&hl=fr Google Scholar]
  
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'''Title: ''' Semantic technologies for the optimization of complex molecular networks
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=== Implication dans des projets ===
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* Projet Horizon Europe [https://recherche.insa-strasbourg.fr/lancement-projet-horizon-europe-energetic/ ENERGETIC] 2023 -
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* Projet API ICube XAD (eXplainable Detection Anomaly)  -  2021-2024 (porteur)
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* Projet ANR [https://pullcovapart.projets.litislab.fr/ PullCoVapart]  -  2021-2023
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* Projet européen [https://www.gov4nano.eu/ Gov4Nano]  -  2020-2023
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* Projet européen [https://www.nanoinformatix.eu/ NanoInformaTIX]  -  2019-2022
  
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'''Promotor: ''' [http://icube-sdc.unistra.fr/en/index.php/Cecilia_Zanni-Merk Cecilia Zanni-Merk] (Senior Tenured Associate Professor, ICube-SDC and INSA Strasbourg)
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=== Co-encadrements de thèse ===
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* Slimane Arbaoui [2023 -] <br> Directeurs : Romuald Boné & Ahmed Samet <br> Sujet : Fouille d'un ensenble condense de motifs a partir de series temporelle pour une prediction explicable
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* Quentin Christoffel [2021-] <br> Directrices : Aline Deruyver & Anne Jeannin-Girardon <br> Sujet : Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissances
  
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'''Co-advisor: ''' [http://icube-sdc.unistra.fr/en/index.php?title=Fran%C3%A7ois_de_Bertrand_de_Beuvron&action=edit&redlink=1 François de Bertrand de Beuvron] (Tenured Associate Professor, ICube-SDC and INSA Strasbourg) and [http://icube-bfo.unistra.fr/en/index.php/Julie_Thompson Julie Thompson] (Research director CNRS, at [http://icube-cstb.unistra.fr/fr/index.php/Accueil ICube-CSTB])
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=== Encadrements de stages ===
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*  Slimane Arbaoui [2023] - Master 2 (with Ahmed Samet) <br> Sujet : SOH prediction of lithium battery and detecting its abnormal decrease
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*  Lahcene Dalenda [2023] - Master 2 (with Ahmed Samet) <br> Sujet : Explainable model for estimating the SoC of lithium-ion batteries
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*  Mariam Diakite [2023] - Master 1 (with Ahmed Samet) <br> Sujet : Knowledge graphs for analysing the SoH of lithium-ion batteries
  
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*  Henri Joel Azemena [2023] - Stage en Apprentissage (chez Idemoov) <br> Sujet : Développement Web plateforme EXPRESSO
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*  Yoann Grim [2023] - Stage BUT2 (chez Socomec) <br> Sujet : Développement en C# d’un outil de gestion des MAC adresses SOCOMEC
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*  Mathieu Champagne [2023] - Stage BUT2 (chez STIS 67) <br> Sujet : Étude de migration du site Extranet et réalisation d'un POC à partir d'un CMS
  
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'''Overview: '''  This PhD thesis is prepared as part of a Franco-Tunisian cotutelle between, the [http://icube-sdc.unistra.fr/en/index.php/Home SDC Team] in collaboration with the [http://lbgi.fr/lbgi/ LBGI Team] and the [http://www.utunis.rnu.tn/ University of Tunis]. 
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*  Henri Joel Azemena [2022] - Master 2 <br> Sujet : Explainable Artificial Intelligent as a solution approach to the Duck Curve problem
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The general goal of this thesis is to find an optimal set of external stimuli to be applied during a predetermined time interval to evolve the network from its current state to another
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*  Mahir Israyilov [2022] - Master 2 <br> Sujet : Knowledge graphs as tools for explainable artificial intelligence
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desired state. Our original approach is based on the combined use of semantic technologies, combinatorial optimization and simulation.
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*  Ala Eddine Hamouni [2022] - Master 2 (with Ahmed Samet) <br> Sujet : An ontology-based approach to battery pack SoC estimation
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*  Quy Thanh LE [2022] - Master 2 (with Claudia Frydman Université Aix-Marseille) <br> Sujet : Modélisation de la propagation du SARS-CoV-2 dans les poumons
  
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== Enseignement ==
  
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A complex biomolecular network is represented by the interactions of many molecules (genes, proteins and metabolites) in a cell. This network should stay at a normal (at least, healthy) phenotype. However, by some unknown perturbation or stimuli, the network can be transited from a normal phenotype to a disease phenotype. It thus is desirable to steer the biomolecular network to transit from the abnormal phenotype to a healthy phenotype.
+
Depuis 2021 :
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Here we are interested in how to effectively steer the system from an unexpected state to a desired state by applying suitable input control signals. The main purpose of this project is to provide a platform based on two strong points of the Data Mining Theme of the SDC team of ICube: semantic technologies on the one hand, and combinatorial optimisation tools on the other hand.
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*  Introduction aux systèmes d'exploitation et à leur fonctionnement
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*  Introduction à l'architecture des ordinateurs
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*  Programmation système
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*  Programmation mobile
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*  Développement orienté objets
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* Qualité de développement
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*  Installation d'un poste pour le développement
  
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Entre 2014 et 2021 :
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*  Applications réseaux
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*  Fonctionnement des ordinateurs
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*  Cultures et pratiques de l'informatique
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*  Certificat informatique et internet (C2i)
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*  Algorithmique et programmation (Ocaml, Python)
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*  Base de données (oracle, PostgreSQL)
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*  Architecture des ordinateurs
  
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To study the phenotype transitions, we will propose a modelisation that describe the a regulatory biomolecular network is represented by a directed network in which molecules are represented by nodes and the interactions between molecules are represented by arcs. As a result, cellular phenotypes can be defined by the network states that represent all the molecular expressions in the network collectively while a phenotypic change or cellular behavior change can be described as a dynamic transition between two states of the network,
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== Responsabilités administratives et scientifiques ==
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=== Administratives ===
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*  Programme Doctoral International de l’Université de Strasbourg (2015 - 2018)<br>
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*  Membre de la Société d’Automatique, du Génie Industriel et de Productique (depuis 2020)<br>
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* Membre du conseil de perfectionnement du BUT 1 et BUT 2 à l'IUT Robert Schuman (depuis 2021)<br>
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*  Responsable des stages des deuxièmes années BUT à l'IUT Robert Schuman (2022)<br>
  
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=== Scientifiques ===
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*  Membre du comité scientifique du RED (réseau DEVS) <br>
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*  Chair de la session invitée "Knowledge-Aware eXplainable Artificial Intelligence" pour la conférence internationale KES (KES'2022)<br>
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*  Membre du comité de programme et révision d'article pour la conférence internationale ''International Symposium on Intelligent Data Analysis'' 2023 (IDA'2023)<br>
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*  Chair de la session "Biological computational ecosystems" pour la conférence internationale ''Complex Computational Ecosystems'' (CCE'2023)<br>
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*  Révision d'articles pour la revue internationale ''International Journal of Data Science and Analytics'' (JDSA'20212 to 023)<br>
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*  Révision d'articles pour la revue internationale ''International Journal of Chemical Information and Modeling'' (JCIM'2023)<br>
 +
*  Révision d'articles pour la conférence internationale ''Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems'' (KES'2019 to KES'2023)<br>
 +
*  Révision d'articles pour la conférence internationale ''International Symposium on Intelligent Data Analysis'' 2023 (IDA'2023)<br>
 +
*  Révision d'articles pour la conférence internationale ''European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases'' (ECML PKDD'2023)<br>
 +
*  Révision d'articles pour la revue internationale "Advanced Engineering Informatics" (AEI 2023)<br>
  
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== Contact ==
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Ali AYADI
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ICube lab
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SDC group
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Télécom Physique Strasbourg
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300 bd Sébastien Brant - CS 10413
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F - 67412 Illkirch cedex
  
−
With this aim in mind, our future work will continue to develop a platform to study the transitions of biomolecular networks from any state to a specific state, based on three modules: (i) The ontological module: This module uses semantic technologies to generate new inferred knowledges (the discovery of new semantic associations between molecules) to
+
Office: C335
−
refine the transitions study of the network behaviour. The input of this module is a set of native data (network states and transitions in the form of values and parameters) introduced by the expert and as a result provides the inferred network composed by native and inferred transition states. This enrichment by metadata and new knowledges will facilitate decision making thanks to a powerful knowledge management. (ii) The simulation module: This module will reproduce over time the dynamic behavior of each network component. This simulator will adopt the DEVS Discrete Event Specification Formalism. (iii) The optimization module: With this module, we apply combinatorial optimization algorithms to provide a set sequences of transitions offering the best control of the network from one state to another, at the same time describing all the changes in values taking place inside each network component.
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Email: ali.ayadi (at) unistra (dot) fr
  
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= Teaching =
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= Research =
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Teaching assistant at the [http://mathinfo.unistra.fr/ UFR Mathématiques-Informatique] (department of Mathematics and Computer Science) and at the [http://geographie.unistra.fr/ Faculté de Géographie et d'Aménagement] (University Institute of Technology) of the [http://unistra.fr/index.php?id=homepage University of Strasbourg].
 
−
 
 
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'''2014/2015: '''
 
−
* L1/MathInfo Computer Science S1 :Computer and internet certificate  (C2i)
 
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* Master1/GE-OTG Computer Science S2: Spatial databases and SQL (PostgreSQL)
 
−
* L1/MathInfo Computer Science S2:Databases and SQL (Oracle)
 
−
* L1/MathInfo Computer Science S2: Object-Oriented Programming (Ocaml)
 
−
 
 
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= Publications =
 
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<anyweb>http://icube-publis.unistra.fr/?author=AYadi_Ali&=#hideMenu</anyweb>
 
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[[fr:Ali Ayadi]]
 

Latest revision as of 14:01, 15 April 2024

Courte biographie

150px|vignette|droite

Auparavant, j'ai été :

  • Maître de conférences au sein de l'équipe CSTB (09/2021 -- 09/2023)
  • Postdoctorant dans l'équipe Modèles et Formalismes à Evénements Discrets (MOFED) du Laboratoire d'Informatique & Systèmes (LIS) à l’Université d'Aix-Marseille (09/2020 -- 08/2021).
  • Postdoctorant dans l'équipe Environnement Durable (ED) du Centre de Recherche et d'Enseignement de Géosciences de l'Environnement (CEREGE) à l'Université d'Aix-Marseille en collaboration avec le Centre des implications environnementales de la nanotechnologie (CEINT) de l'Université Duke (09/2019 -- 08/2020).
  • A.T.E.R à l’UFR de mathématique et informatique de l'Université de Strasbourg (09/2017 -- 08/2019).
  • Doctorant dans l'équipe Science des Données et Connaissances (SDC) du laboratoire ICube de l'Université de Strasbourg (05/2015 -- 09/2018).

Recherche

Thématiques de recherche

  • IA neuro-symbolique et XAI
  • Ingénierie des connaissances
  • Représentation conceptuelle
  • Modélisation de la connaissance du domaine à l'aide d'ontologies (web sémantique)
  • Processus d'inférence et Raisonnement qualitatif
  • Simulation à évènements discrets

Applications

  • Réseaux biomoléculaires
  • Industrie 4.0

Publication

Liste des pulications

Google Scholar

Implication dans des projets

  • Projet Horizon Europe ENERGETIC 2023 -
  • Projet API ICube XAD (eXplainable Detection Anomaly) - 2021-2024 (porteur)
  • Projet ANR PullCoVapart - 2021-2023
  • Projet européen Gov4Nano - 2020-2023
  • Projet européen NanoInformaTIX - 2019-2022

Co-encadrements de thèse

  • Slimane Arbaoui [2023 -]
    Directeurs : Romuald Boné & Ahmed Samet
    Sujet : Fouille d'un ensenble condense de motifs a partir de series temporelle pour une prediction explicable
  • Quentin Christoffel [2021-]
    Directrices : Aline Deruyver & Anne Jeannin-Girardon
    Sujet : Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissances

Encadrements de stages

  • Slimane Arbaoui [2023] - Master 2 (with Ahmed Samet)
    Sujet : SOH prediction of lithium battery and detecting its abnormal decrease
  • Lahcene Dalenda [2023] - Master 2 (with Ahmed Samet)
    Sujet : Explainable model for estimating the SoC of lithium-ion batteries
  • Mariam Diakite [2023] - Master 1 (with Ahmed Samet)
    Sujet : Knowledge graphs for analysing the SoH of lithium-ion batteries
  • Henri Joel Azemena [2023] - Stage en Apprentissage (chez Idemoov)
    Sujet : Développement Web plateforme EXPRESSO
  • Yoann Grim [2023] - Stage BUT2 (chez Socomec)
    Sujet : Développement en C# d’un outil de gestion des MAC adresses SOCOMEC
  • Mathieu Champagne [2023] - Stage BUT2 (chez STIS 67)
    Sujet : Étude de migration du site Extranet et réalisation d'un POC à partir d'un CMS
  • Henri Joel Azemena [2022] - Master 2
    Sujet : Explainable Artificial Intelligent as a solution approach to the Duck Curve problem
  • Mahir Israyilov [2022] - Master 2
    Sujet : Knowledge graphs as tools for explainable artificial intelligence
  • Ala Eddine Hamouni [2022] - Master 2 (with Ahmed Samet)
    Sujet : An ontology-based approach to battery pack SoC estimation
  • Quy Thanh LE [2022] - Master 2 (with Claudia Frydman Université Aix-Marseille)
    Sujet : Modélisation de la propagation du SARS-CoV-2 dans les poumons

Enseignement

Depuis 2021 :

  • Introduction aux systèmes d'exploitation et à leur fonctionnement
  • Introduction à l'architecture des ordinateurs
  • Programmation système
  • Programmation mobile
  • Développement orienté objets
  • Qualité de développement
  • Installation d'un poste pour le développement

Entre 2014 et 2021 :

  • Applications réseaux
  • Fonctionnement des ordinateurs
  • Cultures et pratiques de l'informatique
  • Certificat informatique et internet (C2i)
  • Algorithmique et programmation (Ocaml, Python)
  • Base de données (oracle, PostgreSQL)
  • Architecture des ordinateurs

Responsabilités administratives et scientifiques

Administratives

  • Programme Doctoral International de l’Université de Strasbourg (2015 - 2018)
  • Membre de la Société d’Automatique, du Génie Industriel et de Productique (depuis 2020)
  • Membre du conseil de perfectionnement du BUT 1 et BUT 2 à l'IUT Robert Schuman (depuis 2021)
  • Responsable des stages des deuxièmes années BUT à l'IUT Robert Schuman (2022)

Scientifiques

  • Membre du comité scientifique du RED (réseau DEVS)
  • Chair de la session invitée "Knowledge-Aware eXplainable Artificial Intelligence" pour la conférence internationale KES (KES'2022)
  • Membre du comité de programme et révision d'article pour la conférence internationale International Symposium on Intelligent Data Analysis 2023 (IDA'2023)
  • Chair de la session "Biological computational ecosystems" pour la conférence internationale Complex Computational Ecosystems (CCE'2023)
  • Révision d'articles pour la revue internationale International Journal of Data Science and Analytics (JDSA'20212 to 023)
  • Révision d'articles pour la revue internationale International Journal of Chemical Information and Modeling (JCIM'2023)
  • Révision d'articles pour la conférence internationale Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems (KES'2019 to KES'2023)
  • Révision d'articles pour la conférence internationale International Symposium on Intelligent Data Analysis 2023 (IDA'2023)
  • Révision d'articles pour la conférence internationale European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD'2023)
  • Révision d'articles pour la revue internationale "Advanced Engineering Informatics" (AEI 2023)

Contact

Ali AYADI
ICube lab
SDC group
Télécom Physique Strasbourg
300 bd Sébastien Brant - CS 10413
F - 67412 Illkirch cedex

Office: C335
Email: ali.ayadi (at) unistra (dot) fr

Research

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